ツインリンクもてぎで行われた日本ＧＰ決勝は、フィアットヤマハのホルヘ・ロレンソが優勝を飾った。２位にはポールシッターのヴァレンティーノ・ロッシが入り、１１番グリッドからスタートしたダニ・ペドロサが３位を獲得した。
午前中にどしゃぶりの雨が降ったもてぎだが、午後はさわやかに晴れた。コース上にはところどころ水たまりがあったものの、レースはドライコンディションの下で行われた。スタートではロッシが見事に飛び出してホールショットを奪い、クリス・バーミューレン、ペドロサ、ケイシー・ストーナー、ロレンソの順で続いた。ペドロサはすぐにバーミューレンを抜いて２番手に浮上し、ストーナーは６番手まで順位を落とした。母国グランプリを迎えた高橋裕紀はオープニングラップでニッキー・ヘイデンと接触し、残念ながらリタイアとなった。
序盤はロッシは速いペースで２番手以下を大きく離していったが、徐々に２番手となったロレンソに差を詰められていった。ロレンソはファステストラップを連発してロッシに迫り、９周目でロッシを抜いてトップに立つ。ロレンソはその後もトップを譲ることなく後続を突き放し、トップチェッカーを受けて今シーズン１勝目を挙げた。２番手となったロッシはレース終盤にペドロサにポジションを明け渡したものの、粘り強い走りで再び２位を取り戻し、２戦連続で２位を獲得した。オフシーズンに負傷したペドロサは、怪我をさすれさせる走りで今シーズン初表彰台を獲得した。
チャンピオンシップではロレンソが４１ポイントでトップに立ち、ロッシが１ポイント差で２位につけている。
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