日本ＧＰ決勝は、４番グリッドからスタートしたヴァレンティーノ・ロッシが見事な逆転優勝を飾り、最高峰クラス６度目となるワールドチャンピオンシップタイトルを獲得した。ロッシはスタートで５番手にポジションを下げたものの、その後は前を行くライバルたちを次々と交わしていき、最後は５戦連続優勝を飾ってタイトルを奪還した。２位にはケイシー・ストーナー、３位にはダニ・ペドロサが入った。
スタートではストーナーがホールショットを奪い、５番グリッドからスタートしたペドロサが２番手につけ、ニッキー・ヘイデン、ホルヘ・ロレンソ、ロッシの順でオープニングラップを終えた。ワイルドカードで参戦しているリズラ・スズキの秋吉耕佑はオープニングラップで転倒し、そのままリタイアとなった。２周目でペドロサがトップに立ち、ロッシはロレンソとヘイデンを抜いて３番手に浮上した。序盤はペドロサとストーナーがトップ争いを演じ、そのすぐ後ろでロッシがチャンスを狙う展開となった。
６周目にストーナーがペドロサを交わしてトップに立つと、その隙をついてロッシはペドロサを交わして２番手に浮上した。３番手にポジションを下げたペドロサは、その後はペースを上げられずストーナーとロッシとの差を広げて優勝争いから脱落していった。一方でペースを上げていったのはロレンソだ。ロレンソは８周目でヘイデンを交わすと、前を行くペドロサを追いかけていった。
レース中盤では９０℃コーナーでコースアウトをするライダーが目立ち、アンソニー・ウエスト、アレックス・デ・アンジェリス、マルコ・メランドリらがコースから外れてしまった。トップを走るストーナーはファステストラップを更新し続けてペースを上げていったが、ロッシはストーナーの後ろにつけてオーバーテイクのチャンスを伺った。そして残り１１周となったところでストーナーをパスし、ついにトップに立った。
ロッシはレース終盤もリードを守り続け、ストーナーに約２秒の差をつけてトップチェッカーを受けた。４番手を走行するロレンソは前を行くペドロサに追いつき、ロレンソはファイナルラップでオーバーテイクを仕掛けたがわずかに接触してバランスを崩し、結局ペドロサが３位を守ってフィニッシュした。
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