ツインリンクもてぎで行われている日本ＧＰの予選は、フィアット・ヤマハのホルヘ・ロレンソが１分４５秒５４３のトップタイムを記録して、ポルトガルＧＰ以来となる今シーズン４度目のポールポジションを獲得した。逆転優勝を狙うケイシー・ストーナーはコンマ３秒差で２番手となり、ニッキー・ヘイデンが３番手に続いた。タイトル獲得がかかるヴァレンティーノ・ロッシは４番手となり、明日の決勝を２列目からスタートさせることになった。
ストーナーは残り１５分となったところで１分４５秒８３１のトップタイムを記録したが、その後はタイムが伸び悩み、ロレンソにトップタイムを奪われた。残り３分になると各ライダーは新品の予選用タイヤに履き替えて最後のアタックに向かい、コース上には渋滞ができるほどだった。
ストーナーは最後のアタックを行わずにピットへ戻り、ヘイデンはタイムを更新できなかったロッシを抜いて３番手に浮上した。ロレンソは自らのトップタイムをコンマ２秒更新し、予選のタイムレーコードをも更新した。
５番手にはダニ・ペドロサが入り、ロリス・カピロッシ、コーリン・エドワーズ、ランディ・ド・プニエが続き、中野真矢は９番グリッドから明日のレースをスタートさせることになった。最後のアタックで転倒したアレックス・デ・アンジェリスは１８位となり、ワイルドカードで参戦している秋吉耕佑は最下位の１９位となった。
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