日本ＧＰ決勝は、ロリス・カピロッシが優勝を飾った。ツインリンクもてぎは天候が変化し、カピロッシは適したタイヤ選択でアドバンテージを得て、２位のランディ・ド・プニエに大差をつけて日本ＧＰ３連破を達成した。ケイシー・ストーナーは６位に入り、ヴァレンティーノ・ロッシが１３位となったため、ストーナーのワールドチャンピオンが決定した。
土曜日まで快晴が続いていた茂木だったが、日曜日はあいにくの雨模様となった。レーススタート時は激しく降っていなかったが、スターティンググリッドではバイクのセットアップをどうすればよいのかメカニックたちが大忙しだった。主催者は雨でのレースと判断し、全てのチームがレインタイヤを装着した。
スタートではリズラスズキのクリス・バーミューレンがエンジンストールを喫し、カワサキのアンソニー・ウエストはジャンプスタートのためにドライブスルーペナルティを科せられた。
ダニ・ペドロサは何のトラブルもなくポールポジションからレースをリードし、その後ろでは激しいポジション争いが繰り広げられていた。ロッシはオープニングラップで大きくポジションを落とし、２位から８位に後退してしまった。
トラックが乾いてくるとライダーたちはピットに入り、ドライタイヤを装着したバイクに乗り換えた。最初にピットに入ったのはニッキー・ヘイデン、シルヴァン・ギュントーリ、そしてカピロッシだった。彼らはすぐに他のライダーよりも５秒ほどラップタイムを改善した。
レースをリードしていたライダーたちはレインタイヤのままで走行することを選んだため、大きくタイムロスしてしまった。彼らは後にバイクを変えたが、カピロッシは彼らを抜き去り優勝に向けてクルージングに入った。カピロッシの優勝は通算９回目となる。
ストーナーはロッシの前でフィニッシュしたため、彼はわずか２１歳でチャンピオンシップ初制覇を達成した。彼は２番目に若いMotoGPチャンピオンである。
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