Valentino Rossi a mis un terme au cavalier seul de son équipier Jorge Lorenzo en s'octroyant la pole position du Grand Prix de République Tchèque, devant son partenaire de garage. Ce ne fut néanmoins pas une partie de plaisir pour le Transalpin, parti à la faute en fin d'exercice.
Le champion du monde en titre s'est fait une joie de « calmer » Jorge Lorenzo, pourtant très véloce depuis l'ouverture du week-end. Rossi a attendu les dernières minutes de la séance, décisives, pour se hisser au sommet de la hiérarchie à l'aide d'un bon 1'56''145'''.
Lorenzo doit se contenter du deuxième rang et précède à nouveau Dani Pedrosa, qui profite de l'absence de Casey Stoner pour sauter en première ligne.
A la recherche d'un guidon depuis l'annonce de l'arrivée de Marco Melandri chez Honda Gresini, Toni Elias a fait ce qu'il fallait pour se faire remarquer, quatrième temps à la clé. La deuxième ligne aura des allures de podium du Grand Prix de Donington, complétée de son second, Colin Edwards (5e), et son vainqueur, Andrea Dovizioso (6e).
La seconde Honda Gresini d'Alex de Angelis (7e) n'est pas très loin de la première et devance les deux Ducati - orphelines de Casey Stoner -. Nicky Hayden (8e) précède au meilleur moment Mika Kallio (10e). Le duo prend en sandwich Loris Capirossi. Le Britannique James Toseland est loin de son équipier et quatorzième.